L'homme de Cheddar avait la peau foncée et les yeux bleus. Un test ADN grand public a aidé à le prouver
Il y a 10 000 ans, le plus vieux squelette presque complet de Grande-Bretagne avait la peau foncée, les yeux clairs et ne digérait pas le lait. Voici ce que son génome a révélé, et pourquoi la liste de marqueurs d'un test ADN récréatif s'est retrouvée au cœur de l'enquête.
En 1903, des ouvriers creusent une tranchée de drainage dans la grotte de Gough, à Cheddar, dans le Somerset. Ils tombent sur un squelette. On le baptise l'homme de Cheddar, on annonce qu'il a peut-être 80 000 ans, et on se trompe d'un facteur huit.
La grotte de Gough, dans le Somerset. Fraîche, stable, humide — les conditions idéales pour conserver de l'ADN pendant dix millénaires.
Il en avait environ 10 000. Il mesurait 166 centimètres. Il est mort dans la vingtaine. Et pendant un siècle, personne n'a su à quoi il ressemblait vraiment.
Le détail que personne n'attendait
Quand l'équipe du Natural History Museum de Londres a fini de séquencer son génome, le résultat a pris tout le monde à contre-pied : l'homme de Cheddar portait les variants associés à une peau foncée, des yeux clairs — bleus ou verts — et des cheveux foncés et bouclés.
L'hypothèse dominante voulait que les humains arrivés en Europe il y a 45 000 ans aient rapidement développé une peau claire, plus efficace pour synthétiser la vitamine D sous un soleil pauvre. Le calendrier ne tient pas.
« Les yeux clairs sont arrivés en Europe bien avant la peau claire ou les cheveux blonds, qui ne sont apparus qu'après l'arrivée de l'agriculture », résume Tom Booth, chercheur au Natural History Museum. « L'homme de Cheddar bouscule l'idée qu'on se fait des combinaisons de traits qui vont ensemble. »
Deux variants sont au cœur de l'affaire. rs1426654, dans le gène SLC24A5, et rs16891982, dans SLC45A2 : ce sont les deux allèles dérivés les plus fortement associés à la peau claire chez les Européens actuels. L'homme de Cheddar ne les portait pas. En revanche, il portait rs12913832, dans la région régulatrice HERC2/OCA2, l'allèle qui donne les yeux bleus.
Une analyse portant sur 230 individus eurasiens anciens a confirmé le schéma : les allèles de peau claire ont été soumis à une forte sélection en Europe, mais tardivement, largement pendant et après la transition néolithique (Mathieson et al., Nature, 2015).
L'os le plus dense du corps humain
Récupérer de l'ADN vieux de 10 000 ans reste un travail ingrat. « ADN ancien ne veut pas nécessairement dire vieux de milliers d'années », précise Selina Brace, spécialiste de l'ADN ancien au Museum. « Cela veut dire que l'ADN est dégradé. »
L'équipe a prélevé le rocher — l'os de l'oreille interne, le plus dense du corps humain, et celui qui protège le mieux l'ADN. Les conditions fraîches et constantes de la grotte de Gough ont fait le reste.
Puis vient le détail qui rend cette histoire particulière. Une fois les millions de fragments séquencés, il fallait encore savoir où regarder.
« J'avais fait un test ADN récréatif qui portait spécifiquement sur les traits physiques, et ils avaient utilement listé les marqueurs qu'ils utilisent pour établir leurs conclusions », raconte Tom Booth. Cette liste de marqueurs, issue d'un test grand public, a été transmise au laboratoire de bio-informatique du Museum pour construire le portrait.
Le même type de marqueurs que ceux qu'analysent les applications de génétique récréative a servi à reconstituer le visage du plus vieux Britannique connu.
Ce que la reconstitution ne dit pas
Le buste réalisé par Kennis & Kennis pour Channel 4 a fait le tour du monde. Il mérite une mise en garde.
« La reconstitution faciale, c'est en partie de l'art et en partie de la science », reconnaît Booth. La prédiction de la couleur de peau à partir de l'ADN ancien est une estimation probabiliste, assortie d'un intervalle de confiance — pas une photographie. Le sens général du résultat est solide et cohérent avec d'autres restes mésolithiques européens. La nuance précise du modèle en cire, beaucoup moins.
Êtes-vous son descendant ?
Presque certainement pas, en tout cas pas en ligne directe. Les Britanniques d'aujourd'hui partagent environ 10 % de leur ascendance génétique avec la population européenne à laquelle appartenait l'homme de Cheddar.
Le reste a été largement remplacé. L'analyse de six génomes mésolithiques et de dizaines de génomes néolithiques britanniques montre que la transition vers l'agriculture en Grande-Bretagne s'est faite par l'arrivée d'agriculteurs venus du continent, avec très peu de flux génétique depuis les chasseurs-cueilleurs locaux (Brace et al., Nature Ecology & Evolution, 2019, PMID : 30988490).
Il était aussi, comme tous les Européens de son époque, intolérant au lactose. La capacité à digérer le lait à l'âge adulte est arrivée bien plus tard.
Remonter votre propre fil mésolithique
Le test ADN Mésolithique compare votre génotype aux populations de chasseurs-cueilleurs de cette période et estime la part de votre ascendance qui remonte à ces groupes. Une version haute résolution distingue davantage de populations de référence.
Il ne vous dira pas de quelle couleur étaient les yeux de vos ancêtres. Il vous dira quelle fraction de votre génome vient encore du monde que l'homme de Cheddar habitait — avant que les agriculteurs n'arrivent et ne redessinent la carte.
Ce billet est un résumé original. Les travaux d'origine sont publiés dans Nature Ecology & Evolution et Nature (liens ci-dessus). Les citations de Tom Booth et Selina Brace proviennent du dossier public du Natural History Museum consacré à l'homme de Cheddar.